Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực hiện nay có lịch sử hình thành từ năm 1896 với tên gọi Trường Tổng Thủ Đức, đã trải qua nhiều lần thay tên và trực thuộc đơn vị chủ quản. Năm 1991, trường có tên gọi là Trường phổ thông cấp 1 - 2 Nguyễn Trung Trực. Sau đó, trường đổi thành Trường phổ thông cấp 1 Nguyễn Trung Trực theo Quyết định số 377/QĐ-UB ngày 08 tháng 8 năm 1991 của Ủy ban nhân dân huyện Thủ Đức về việc tách nhập trường và đổi tên các trường phổ thông cơ sở, mẫu giáo - nhà trẻ. Năm 1995, trường được đổi tên thành Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực theo Quyết định số 699/QĐ-UB ngày 05 tháng 8 năm 1995 của Ủy ban nhân dân huyện Thủ Đức về việc đổi tên các trường thuộc Phòng Giáo dục huyện Thủ Đức. Đến năm 2007, Ủy ban nhân dân quận Thủ Đức ra Quyết định số 2561/QĐ-UBND ngày 31 tháng 12 năm 2007 về việc đổi tên Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực huyện Thủ Đức thành Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực quận Thủ Đức. Năm 2021, thực hiện chủ trương của Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh sát nhập 03 quận (Quận 2, Quận 9 và quận Thủ Đức) nên đổi thành Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực thành phố Thủ Đức cho đến nay.
Trường tọa lạc tại số 962 đường Kha Vạn Cân, Khu phố 2, phường Linh Chiểu, thành phố Thủ Đức, Thành phố Hồ Chí Minh. Vị trí địa lý của trường nằm ngay trục giao lộ chính Kha Vạn Cân - Tô Ngọc Vân - Võ Văn Ngân, kề bên chợ Thủ Đức, khu dân cư tập trung đông, mật độ lưu lượng xe tham gia giao thông tương đối cao.
Nhà trường được sự quan tâm của các cấp lãnh đạo thành phố Thủ Đức, sự chỉ đạo sâu sát của Phòng Giáo dục và Đào tạo cùng với sự phối hợp chặt chẽ của Ban đại diện cha mẹ học sinh. Cơ sở vật chất của nhà trường từng bước được Ủy ban nhân dân thành phố Thủ Đức đầu tư kinh phí tu bổ, sửa chữa và xây mới.
Trường Tiểu học Nguyễn Trung Trực có tổng diện tích là 4.712,9 m 2 với quy mô 04 khối công trình (02 dãy phòng học 01 trệt 01 lầu cũ và 02 dãy phòng học 01 trệt 02 lầu được xây dựng mới vào các năm 2016, 2018), có tổng số 35 phòng học, 01 phòng học tin học, 01 phòng học tiếng Anh (Phonics), 01 phòng thư viện, các phòng quản trị - hành chính và phòng hỗ trợ phục vụ khác, cùng với hệ thống trang thiết bị dạy học đáp ứng cho công tác giáo dục học sinh từ lớp Một đến lớp Năm ở các phường Linh Chiểu, phường Linh Tây và phường Trường Thọ.
Cán bộ quản lý, giáo viên, nhân viên có phẩm chất đạo đức tốt, lý luận chính trị vững vàng, nêu cao tinh thần trách nhiệm, hoàn thành tốt mọi nhiệm vụ được giao; phát huy tốt tính năng động và sáng tạo trong việc tổ chức các hoạt động giáo dục. Đội ngũ giáo viên có năng lực chuyên môn, yêu nghề và hết lòng vì học sinh.
Ngoài việc dạy học, nhà trường còn chú trọng giáo dục học sinh phát triển toàn diện thông qua việc rèn luyện: năng khiếu, kỹ năng sống, giáo dục ý thức giữ vệ sinh cá nhân, lao động tự phục vụ. Học sinh đến trường lễ phép, mạnh dạn trong giao tiếp, có nền nếp, các em tích cực tham gia vào các hoạt động học tập chính khóa và ngoại khóa. Số lượng học sinh ngày càng tăng, nhu cầu học bán trú ngày càng nhiều. Trình độ nhận thức của cha mẹ học sinh về chăm sóc, giáo dục học sinh ngày càng được nâng cao.